In die Ära Ribbeck fällt 1988 der größte Erfolg Bayer Leverkusens mit dem UEFA-Pokalsieg. Im Halbfinale warf man den SV Werder Bremen mit 1:0 und 0:0 aus dem Wettbewerb. Im Finale spielte die "Werkself" gegen den spanischen Vertreter Espanyol Barcelona. Das Hinspiel im Estadio Sarriá verlor Leverkusen mit 0:3 allerdings konnte man im Rückspiel mit 3:0 glänzen. Das Elfmeterschießen entschieden die Leverkusener mit 3:2 für sich. Mit Reiner Calmund als Manager wurde der entscheidenden Anteil am Erfolg Leverkusens besiegelt. Calmund sicherte die Nationalspieler Ulf Kirsten, Andreas Thom und Jens Melzig für den Verein. Zudem schlossen sich charismatische Spieler wie Bernd Schuster und Rudi Völler dem Verein an, was dessen Popularität und Beliebtheit steigerte, darüber hinaus intensivierte Calmund Leverkusens Kontakt zu Juan Figer. Am 30. Juni 2004 trat Reiner Calmund als langjähriger Geschäftsführer des Vereins zurück, womit Leverkusen eine seiner schillernden Persönlichkeiten verlor. Am Tag darauf wurde Wolfgang Holzhäuser sein Nachfolger. Die Saison 2005/06 startete Leverkusen schwach und nach dem Aus in der 1. Runde des UEFA-Cups gegen Sofia und dem schlechten Tabellenplatz ersetzte Sportdirektor Völler für 5 Spieltage Augenthaler, bevor Michael Skibbe zum neuen Trainer unter Vertrag genommen wurde. Skibbe konnte durch einige junge Spieler eine starke Mannschaft aufbauen. Auch in der Saison 2006/07 spielte die Mannschaft in einem Auf einem Ab. Die Direkt-Qualifikation für den UEFA-Cup schaffte Bayer am Ende der Saison mit dem 5. Platz