Franz Kremer, der auch der erste Präsident des 1. FC Köln wurde und es bis zu seinem Tode 1967 blieb, genießt bis heute einen legendären Ruf im Umfeld des 1. FC Köln. Den sportlichen Aufstieg in der 50ern und 60ern verdankt der FC zu einem erheblichen Teil ihm. Der 1. FC Köln war in den 50er- und Anfang der 60er-Jahre insgesamt fünfmal Meister und dreimal Vizemeister in der damaligen Oberliga und nahm dadurch achtmal an den Endrunden zur Deutschen Meisterschaft teil. Als 1963 die Fußball-Bundesliga gegründet wurde, wurde Köln 1964 erster Meister und erreichte in der Folgesaison das Halbfinale des Landesmeistercups. Zu dieser Zeit galt der 1. FC Köln als der führende Fußballverein in Deutschland. In den Siebzigern fiel Köln hinter die seinerzeit dominierenden Mannschaften Bayern München und  Mönchengladbach zurück, blieb aber weiterhin ein Bundesliga-Spitzenteam, das regelmäßig im UEFA-Cup spielte. Mit Trainer Hennes Weisweiler 1976, wurden wieder Titel errungen, zunächst 1977 der DFB-Pokal. 1978 wurde der FC ein drittes Mal Deutscher Meister, wenige Wochen zuvor hatte Köln bereits das Pokalendspiel gegen Fortuna Düsseldorf gewonnen.

Während der WM 1990 wurde Erfolgstrainer Daum für die Öffentlichkeit völlig überraschend und ohne nähere Begründung entlassen. Jahre später bestätigte Ex-Präsident Dietmar Artzinger - Bolten Spekulationen, dass es einen Zusammenhang mit dem im Oktober 2000 öffentlich gewordenen Kokainkonsum Daums gegeben habe.

Sportlich begann 1990 ein langsamer Abstieg. 1992 qualifizierte sich der FC zum letzten Mal für den UEFA-Pokal, in der Saison 1992/93  geriet Köln erstmals seit fast zehn Jahren wieder in Abstiegsgefahr. Die Ära Hartmann endete 1997, und Albert Caspers, wurde Präsident. Er trat an, um die wirtschaftliche Basis des 1. FC zu stärken und ein professionelles Management einzuführen. Die sportlichen Ziele konnten nicht erreicht werden. 1997/98 stieg der FC zum ersten Mal in seiner Vereinsgeschichte ab. Allerdings gelang Köln nach einer völlig enttäuschenden Zweitligasaison 98/99 in der Saison 99/00 mit Ewald Lienen als Trainer der Wiederaufstieg in die 1. Deutsche Spielklasse. 2002 der erneute Abstieg. Seitdem hat der Verein in bisher jedem Jahr die Ligazugehörigkeit gewechselt. Nach der Spielzeit 2005/06 verließ Nationalspieler Lukas Podolski den 1. FC Köln und wechselte zum FC Bayern München.

Trotz der unbefriedigenden sportlichen Situation kündigte Daum an, seinen Vertrag beim Verein bis 2010 zu erfüllen, jedoch mit der Einschränkung, dass er bei einem erneut verpassten Aufstieg 2007/08 den FC verlassen werde.